Наруто обнаружил раненную Сакуру. Её атаковал неизвестный враг, и герой бросился догонять негодяя. С первым же встретившимся парнем Наруто начал драться. Помогите ему одолеть соперника, бросая кунаи и нанося три вида ударов: стандартный, мощный и быстрый. Вскоре выяснится, что игровая история не столь проста и ниндзя предстоит сразиться и с другими аниме персонажами. Перед боями вы увидите диалоги, объясняющие сюжет игры. Наруто может применять и уникальные комбо-удары. Для их активации надо нажимать комбинации кнопок – их перечень появляется после нажатия на паузу. Игра Боевая миссия Наруто предлагает провести апгрейды между раундами. Здесь также есть режим одиночного поединка.
